Afin de maintenir l’ordre dans les lieux, des règlements périodiques rappelaient aux bedeaux et fossoyeurs par exemple d’empêcher les enfants de jouer dans les lieux (1696) ; de fermer les portes à l’occasion de « désordres » pour éviter la rupture des vitres des charniers ou que des personnes puissent se cacher dans le cimetière ou dans l’église.
Le premier fossoyeur devait connaître l’emplacement de toutes les tombes et fosses du cimetière, des charniers et de l’église.
Ces règlements concernaient également l’église dans laquelle il fallait que les fosses restent le moins longtemps possible ouvertes afin d’éviter les odeurs. On les couvrait d’une natte épaisse, de planches, on remettait les pierres à niveau puis on scellait de plâtre toujours pour éviter les « vapeurs désagréables ». Le tout en une heure et en silence pour le respect de la sainteté des lieux.
Malgré ces précautions, la moindre ouverture d’une fosse causait puanteur et infection éloignant les charités et dévotions des paroissiens, ce dont se plaignait un curé en 1719. A partir de cette date, on n’enterra plus dans l’église mais dans les charniers.
A l’occasion de la grande enquête de 1763, relative à l’insalubrité des cimetières, on signala les exhalaisons fétides de celui de Saint-Paul surtout l’été. De gros travaux d’assainissement furent entamés.
Tout autour du cimetière se trouvaient des galeries de 3,20 m. de large qui s’élevaient jusqu’à 3m. de hauteur. Ces vastes charniers, formés de travées délimitées par des pilastres, étaient couverts d’un petit toit en tuiles qui protégeait les soixante-quatre verrières. Ils comptaient parmi les plus grands et les plus beaux de Paris. Leur magnifique décoration, commencée au 15ème siècle, se poursuivait encore au 17ème siècle. Les verrières, peintes par Pinaigrier, Porcher et Desangives, aux décors inspirés de la Bible et du Nouveau testament, étaient les plus remarquables de la capitale.
Bien entretenus, les familles qui ne pouvaient obtenir de chapelle dans l’église en fondait une dans les charniers comme celle de la famille de Vendôme. Seuls les possesseurs de chapelle pouvaient apposer une épitaphe de marbre ou de cuivre.
Après la fermeture du cimetière (1791), bien qu'il continuât à recevoir des corps, une partie des ossements finit par arriver aux Catacombes. Une partie seulement, car n’ayant pas été totalement vidé, ce qui ne l’a pas été est toujours sur place…
Les épitaphes
279 épitaphes furent répertoriées ce qui est une collecte exceptionnellement riche, la seconde après Saint-Eustache. La plus ancienne de toutes les épitaphes retrouvées date de 1339. En alexandrins, elle ornait la tombe de Jean Fortin, prêtre et maître d’école dans la paroisse. La plus récente est celle de la duchesse de Noailles morte 1739.