Ce dernier avait retenu trois familles régnantes susceptibles de donner une impératrice à la France : celles d’Autriche, de Russie et de Saxe. Cambacérès préconisa l’union avec la Russie, opinion que partageaient Murat et Fouché. L’architrésorier Charles-François Lebrun optait pour les Saxons. Finalement, Talleyrand avec son habileté coutumière vendit l’Autriche avec des arguments qui séduisirent Napoléon : le fils de l’avocat d’Ajaccio épousant une descendante de Charles Quint ! Fontanes et quelques autres y voyant un facteur de paix opinèrent en faveur de ce mariage. Napoléon avait déjà pris sa décision, mais fut sensible à l’approbation de Talleyrand.
Fille de François Ier, empereur d’Autriche, Marie-Louise n’avait guère de quoi réjouir. Elevée dans l’idée d’une France sanguinaire, image que les guerres napoléoniennes n’avait pas améliorée, elle devenait un gage de réconciliation entre deux pays dont la France qui avait assassiné sa grand-tante Marie-Antoinette dix-sept plus tôt.
La cérémonie eut lieu le 11 mars 1810 à Vienne en présence de Berthier qui représentait l’Empereur. Le mariage civil se fit le 1er avril ou 2 suivant à Saint-Cloud. Les Parisiens, plutôt bons enfants applaudirent la nouvelle impératrice, même si d’autres revoyaient la silhouette de Marie-Antoinette allant à l’échafaud. Quant aux grenadiers, ils regrettaient Joséphine.
Bien que les Français ne l’aiment pas et qu’elle ne se sente pas chez elle, Marie-Louise commença à apprécier sa nouvelle position. N'était-elle pas assise sur le premier trône d'Europe ? Bon gré mal gré, elle assuma son rôle d’épouse et donna le jour à Napoléon II, Roi de Rome, l’héritier tant attendu, un an après son union.
En 1813, pendant la campagne de Saxe, l’Empereur lui confia la régence mais avec des pouvoirs très limités. Quand il fut vaincu par la sixième coalition, elle décida de ne pas le suivre à l’île d’Elbe. Elle rejoignit son père au château de Schönbrunn où elle resta durant les Cent-Jours et après Waterloo pour mieux défendre les intérêts de son fils. Les Français ne lui pardonnèrent pas cet abandon.
Séparée alors de son fils, elle reçut par le traité de Fontainebleau, outre le titre de majesté impériale, la souveraineté de Parme, Plaisance et Guastalla dont elle prit possession en 1816. Devenue la maîtresse du feldmaréchal von Neipperg, elle l’épousa morganatiquement quand elle fut veuve en 1821. Le couple eut deux enfants. De nouveau veuve en 1829, elle convola cinq ans plus tard avec le comte de Bombelles, chambellan de la cour d’Autriche.Elle mourut dans son duché de Parme.
Marie-Louise fut inhumée dans la nécropole des empereurs d’Autriche dans la crypte impériale du couvent des Capucins de Vienne. Après la création de la crypte nouvelle en 1962, son sarcophage y fut installé en bonne place, devant ceux des autres résidents.