Après avoir accepté de figurer en vedette dans L’Assassinat du Père Noël (1941) de Christian-Jaque, premier long métrage de la Continental-Films, société financée par des capitaux allemands, par un singulier raccourci de ses interprétations de David Golberg ou de Mathias dans le Juif polonais (1931), lui qui était catholique devint l’objet d'une campagne de presse antisémite, le juif à dénoncer. Se défendant maladroitement, il eut beau produire un certificat « d'aryanité » supposé lui assurer la tranquillité, s’afficher en compagnie d'artistes du régime nazi venus à Paris, même signer un contrat avec la Tobis, société de production allemande, et tourner à Berlin Symphonie eines Lebens (Symphonie d’une vie), rien n’y fit.
De retour à Paris après le tournage de ce dernier film, à la suite d'une nouvelle dénonciation, la Gestapo, qui possédait déjà un dossier sur lui, l’arrêta avec sa femme, le 30 mai 1942, et le mit au secret. Comment un prétendu Juif avait-il pu ainsi duper la censure ?
Les nazis ayant imposé le plus grand silence autour de sa « disparition », de nouvelles rumeurs coururent bon train : il aurait été collaborateur, résistant, espion anglais, serait mort en déportation ou sous la torture en Allemagne,...
Libéré après plus de trois mois de mauvais traitements, de privations de toutes sortes et de torture mentale, il rentra chez lui où, très affaibli, il mourut quelques mois plus tard victime en partie de son inconscience. Si la presse relaya sa mort en louant l’immense talent du monstre sacré, elle n’évoqua que les suites d’une « courte maladie »…
Après ses obsèques en l’église Saint-Philippe-du-Roule en présence du Tout-Paris du 7ème Art et du théâtre, et d’une foule d’admirateurs ou de simples curieux, Harry Baur fut inhumé au cimetière Saint-Vincent.
Dans la même tombe, reposent sa première femme, l’actrice Rose Grane (Rose Cremer) (1889-1931), leur fils Jacques (1910-1929), ainsi que sa seconde épouse, l’actrice Rika Radifé.