Situé à environ 60 kilomètres à l’est de León, le monastère doit sa renommée aux reliques des saints Facundo et Primitivo. Nommé Domnos Sanctos, Sanctus Facundus déformé en saintfagunt, puis en en Safagun, il devint Sahagún.
Bien que origines remontent au début du 8ème siècle, on le considère comme fondé au 9ème siècle par Alphonse III, roi des Asturies.
Alphonse VI, dans sa reconquête sur les Maures, décida utiliser le chemin de Saint-Jacques comme axe de pénétration majeur dans la péninsule ibérique.
Sous l’impulsion de son épouse, Constance de Bourgogne, il fit reconstruire le monastère wisigothique détruit par les Arabes. Voulant faire de ce lieu le « Cluny espagnol », il fit venir Bernard de Sédirac, moine de l’abbaye clunisienne d’Auch, qui deviendra archevêque de Tolède. Entre temps, l’abbaye avait été placée sous la dépendance directe du pape. Elle resta clunisienne jusqu'en 1496, date de son annexion à l'abbaye bénédictine de Valladolid.
Le monastère souffrit des incendies de 1812 et 1835. Sa communauté fut exclue provisoirement de 1820 à 1823 puis définitivement en 1836. Mais avant de partir, les frères bénédictins cachèrent les restes d’Alphonse et de ses épouses. Bien qu’abandonné, le monastère continue d’appartenir aux grands sites clunisiens européens qui se visite sur le chemin de Compostelle.
Excepté Alphonse VI, ses femmes et quelques infants, aucun autre monarque n’est reconnu être inhumé dans cet endroit qui, malgré cela, continua durant des siècles à bénéficier des bienfaits royaux. En fait, malgré la présence royale, Sahagun tient davantage d’un panthéon des nobles, très nombreux à y reposer, qu’à une nécropole royale stricto sensu.
Y furent inhumés