Toute personne pendue à Montfaucon l’était habillée et jamais encore on avait osé déroger à ce principe. Toutefois, pendant la nuit, le corps du ministre fut détaché de la traverse, dépouillé de ses vêtements, et laissé nu auprès du gibet ; il fallut le pendre à nouveau après l'avoir rhabillé : « C'est, le premier vol en l'air et l'exemple le plus bizarre de la persécution de la fortune, dont vous ayez peut-être ouï parler » dira l'historien Sauval.
La dépouille du ministre resta exposée pendant deux ans avant que justice ne lui soit rendue. Déjà sur son lit de mort, Louis X se repentait d’avoir commis une injustice si criante. Pour se racheter, il fit libérer Alips de Mons, épouse d’Enguerrand, enfermée au Châtelet et lui légua 10.000 livres « en considération de la grande infortune qui lui était advenue et pour le grand amour que la reine, sa mère, avait pour la dame de Marigny ».
En 1317, Philippe V, successeur de Louis X, demanda un procès en réhabilitation l'innocentant de toutes les accusations portées contre lui. Ses restes furent alors transportés dans l’église des Chartreux de Vauvert. Dès 1321, le roi avait rétabli la famille de Marigny dans une partie de ses biens. Vers 1336, le roi Philippe VI, fils de Charles de Valois, donna au fils d’Enguerrand une somme pour racheter le domaine d’Ecouis.
Quant à Charles de Valois, tombé malade et ne pouvant guérir, crut que c’était en punition de l’assassinat de Marigny. Il en témoigna un si vif repentir que sur son lit de mort il ordonna qu’on distribuât des aumônes aux pauvres de Paris en leur demandant de prier conjointement pour son âme et pour celle d’Enguerrand.
Redoutant les arrêts de la justice éternelle, il voulut faire une réparation authentique et fit, avec la permission du roi, transporter la dépouille mortelle de Marigny en grande pompe jusqu’à la collégiale Notre-Dame d’Ecouis où il lui fit faire un service solennel à ses frais. Cela situerait le transfert avant fin 1325, puisque Charles de Valois mourut en décembre de cette année-là.
Marigny fut donc inhumé donc dans la collégiale qu’il avait édifiée de 1310 à 1313, mais, sans tombeau ni inscription pour que rien ne rappelât le crime honteux de Charles de Valois.