Charlotte finit par rejoindre son époux mit au monde son premier enfant à l’âge de quatorze ans. Le petit Joachim ne vécut que quelques mois. Il fut inhumé au couvent des Cordeliers d’Amboise. Après plusieurs grossesses, un petit François vit le jour en 1472. Il décéda en 1473 et fut aussi inhumé en l’église des Cordeliers d’Amboise. Très touché par sa disparition, Louis fut dorénavant fidèle à sa femme et, comme l’écrivit Commynes : « de persévérer tant en cette promesse vu que la reine n’était pas de celles où l’on devait prendre tant de plaisir, mais bonne dame ». En clair, Charlotte assumait son devoir conjugal sans s’extasier. Et elle assuma ce rôle à la perfection. Malheureusement, de sa nombreuse nichée trois enfants seulement atteignirent l’âge adulte.
Dès son accession au trône, Charlotte se révéla une reine pieuse et d’une grande générosité dépensant beaucoup en œuvres de charité. Le couple ne faisait pas souvent résidence commune. Installée à Amboise, Charlotte y menait une vie paisible se consacrant à la lecture qui la passionnait et à l’éducation de ses filles. Modeste et effacée, « la pauvre reine sans éclat » se satisfaisait de se train de vie sans ostentation.
Au regard de leur différence d’âge, Louis dut longtemps avoir d’elle une image d’enfant. A sa façon, il l’aimait et la respectait. Elle était la mère de ses enfants, lui avait donné un héritier et Louis XI exigeait de tous la plus grande déférence à son endroit.
Véritable gardienne de sa progéniture, Charlotte se mêla peu de politique. Louis XI n’aurait certes pas accepté son intrusion dans ses affaires. D’ailleurs, ce ne fut pas elle qu’il nomma comme régente du futur Charles VIII, mais sa fille aînée Anne de France et son mari Pierre de Beaujeu. En dehors de toute compétence, l’idée était plutôt sage puisque Charlotte mourut trois mois après Louis XI. Elle lui était restée dévouée toute sa vie et veilla autant que possible sur sa personne lorsque la maladie le cloua au Plessis-lez-Tours.
Malade à son tour, elle ne put être présente lors de ses derniers instants et en conçut un vif chagrin.
Depuis 1472, Louis XI avait fait préparer son tombeau en l’église Notre-Dame de Cléry-Saint-André où Charlotte le rejoignit.
Durant les guerres de religion leur tombeau fut détruit. En 1622, Louis XIII fit construire une nouvelle sépulture qui ne fut pas épargnée par la Révolution. Le tombeau visible aujourd’hui dans la nef date du 19ème siècle. L’église, comme le tombeau sont classés monuments historiques depuis 1840. Un crâne, supposé lui appartenir (►Louis XI), est conservé dans la crypte protégé par une vitrine.