Après la dissolution de la Constituante, il revint à l’armée et fut nommé chef d’état-major à l’armée du Rhin en 1792. Général de division en mars 1793, il refusa le ministère de la Guerre que lui offrait la Convention.
Malheureusement pour sa tête, il échoua dans sa tentative de déblocage de Mayence peu acquise aux idées révolutionnaires et que la Convention souhaitait voir rattachée à la jeune République française. Il démissionna de son commandement en août et se retira sur ses terres de la Ferté-Beauharnais (Loir-et-Cher).
En cette époque de Terreur où éternuer de travers pouvait déjà porter à conséquence, alors un échec militaire…
Traduit devant le tribunal révolutionnaire, le « ci-devant » Beauharnais fut accusé d’être responsable de la capitulation de Mayence. Il fut condamné et exécuté le jour même sur la place du Trône (Place de la Nation) et fut inhumé dans l’une des deux fosses communes du cimetière de Picpus, tombe dans laquelle il repose toujours.
Quatre jours plus tard, Robespierre tombait à son tour. Quatre jours qui changèrent tout au destin de sa femme, Joséphine Tascher de La Pagerie, et à celui de ses deux enfants: Hortense et Eugène.