De même, le chagrin que lui causa la mort du roi frappa toute la cour.
Veuve, son père, l’empereur Maximilien II, souhaita la marier au nouveau roi de France, Henri III qui refusa cette éventualité. Puis ce fut à son tour de décliner un autre projet de mariage fomenter par Maximilien avec Philippe II d'Espagne, son oncle maternel :" Les reines de France ne se remarient point" dira-t-elle en se référant à Blanche de Navarre.
Regrettée du peuple français, elle quitta la France pour son Autriche natale où elle fonda un couvent de clarisses près duquel elle s'installa à Vienne. Elle continua son œuvre charitable en comblant de dotations les églises et les pauvres, et en nourrissant Vienne de ses bienfaits jusqu’à ce que la mort la ramène près de son Charles tant aimé.
Elle ne voulait pas de tombe monumentale mais être inhumée « au ras de terre » escortée par deux cents pauvres habillés à ses frais. C’est ainsi qu’elle fut ensevelie dans le couvent des clarisses.
Deux siècles plus tard, Joseph II, après avoir banni les mêmes clarisses, réunissait ses restes à ceux des princes d’Autriche dans la nécropole viennoise.