Louis-Charles était devenu Dauphin à la mort de son frère aîné Louis-Joseph. Le 13 août 1792, la famille royale était amenée au Temple. Le 11 décembre, le procès de Louis XVI commençant, l’enfant fut remis à sa mère dont on le sépara le 3 juillet 1793 pour être confié au couple Simon. Le 5 janvier 1794 il était retiré aux Simon qui déménagèrent le 19 du même mois.
C’est à partir de cet instant que le véritable martyre du petit garçon commença. Enfermé et seul, sans hygiène, mal nourri, atteint de tuberculose osseuse, malgré le réconfort que certains tentèrent de lui apporter, il rendit son âme à Dieu après une longue agonie. L’histoire de «l’enfant du Temple» commençait.
Le 28 juillet, Barras vint visiter le petit reclus. Le trouvant malade, il nomma différents responsables de la santé du jeune Capet jusqu’au 6 mai 1795 où le Dr Desault l’eut en charge. Mais le Dr Desault mourut subitement le 1er juin. Les soins de son remplaçant, le Dr Pelletan, ne durèrent que quelques jours car le 8 juin, l’enfant mourait. Le lendemain, le Dr Pelletan profita de l’autopsie pratiquée pour subtiliser le cœur du défunt inhumé le 10 au cimetière Sainte-Marguerite, probablement dans une fosse commune (? )
Ce cœur embaumé allait connaître bien des vicissitudes avant que la famille Pelletan ne le léguât au dernier des Bourbons de France en 1895.
Il resta conservé à la basilique Saint-Denis dans une urne en cristal. Plus de deux siècles plus tard, ce petit cœur livrait son secret grâce à des analyses génétiques irréfutables sur le fait qu’il s’agissait bien du sien… ou de celui de son frère aîné. En effet, le cœur embaumé de Louis-Joseph, déposé au Val-de-Grâce et sauvé lui aussi, fut livré de legs en legs à de nombreuses péripéties. Or, le lien de parenté des deux enfants ne permettrait pas à la science d’identifier auquel des deux appartient celui de la basilique Saint-Denis.
Si le doute est difficilement possible sur son inhumation dans ce cimetière, entre rumeurs, mémoires vacillantes, mensonges et vantardises de soi-disant témoins, on ne saura jamais s'il fut inhumé directement dans une fosse commune, dans une petite fosse à part, ou si après avoir avoir été déposé dans la première il fut ensuite transporté dans la seconde.
Les fouilles effectuées en 1979 n'apportèrent rien de nouveau : on trouva bien des ossements, mais aucun ne correspondait à un enfant de son âge.
Néanmoins, sa prétendue sépulture est toujours visible dans un coin discret de la cour située sur une partie de l'ancien cimetière.
Sa véritable dépouille n’ayant donc jamais été retrouvée, la légende continua bon train avec ses inévitables wagons de faux Louis XVII et de prétendants*.