Et Germain de continuer à employer les ressources dont il disposait pour soulager les plus démunis, et aussi, dit-on, pour racheter des captifs, libérer des esclaves, etc.
Mais Germain allait surtout marquer l’histoire de Paris en fondant, en 558, avec Childebert, une basilique pour y recevoir des reliques que le roi avait ramenées d’une expédition à Saragosse. Devenue très vite l’abbaye Sainte-Croix-Saint-Vincent, il prit en mains son organisation en commençant par faire venir un de ses disciples d’Autun, Droctovée, qui fut le premier abbé de l’abbaye. Par ailleurs, il fit en sorte que le monastère puisse jouir d’un certain nombre de privilèges.
Connu pour son éloquence, on conserve de lui une seule lettre, adressée à la reine Brunehaut, dans laquelle il la conjure de préserver le royaume de la guerre civile sur le point d'éclater entre les deux frères Chilpéric et Sigebert. Il y dresse un tableau édifiant des malheurs qu'il présage pour la France.
Germain employa le reste de sa vie en actions de piété, vigilance et de charité et continua à gratifier à l’abbaye de ses bontés.
Sa mort fut regardée comme une perte considérable. Il fut d’bord inhumé, semble-t-il, sous le porche de la basilique primitive. On rapporte quantité de guérisons miraculeuses opérées sur sa tombe, un sarcophage en pierre très simple.
Rapidement, sa sainte présence attira des pèlerinages et provoqua la création d’une nécropole mérovingienne où voulait reposer ad sanctos une population plutôt privilégiée si l’on se fie aux contenus des très nombreux sarcophages découverts à proximité.
Bientôt, le vocable de Sainte-Croix-Saint-Vincent disparut au profit de celui de Saint-Germain auquel on accola « des-Prés » en raison des prairies qui entouraient le lieu.
La dévotion qui se manifestait à son égard justifiait une translation dans l’église. En 754/756, l’abbé Lantfroy, qui depuis longtemps souhaitait lui offrir une sépulture plus digne, obtint l’autorisation de Pépin le Bref. Fallait-il encore retrouver la bonne sépulture et les bons ossements. Une fois découvertes, les reliques de saint Germain, sinon supposées, on perça le mur qui séparait le portique de l’église pour transporter son corps dans une confession derrière le maître-autel. Un récit apocryphe, et faux, inséra une belle part de légende à cette translation qui eut lieu en présence du roi, de son fils, Charles, de plusieurs évêques, de tous les seigneurs de la cour, et d’une foule immense. On en aurait profité pour placer ossements de ses parents, Eleuthère et d’Eusébie, avec les siens.
Durant les raids normands lancés contre Paris, les religieux durent à plusieurs reprises extraire du sarcophage les précieuses reliques pour les mettre à l’abri loin de la capitale. Lors du siège par les Danois (885/886), on les transporta dans l’île de la Cité, dans l'église Saint-Germain-le-Vieux. Entre deux assauts des Normands, en 861/863, saint Germain retrouva son emplacement d’origine de la « crypte Saint-Symphorien » et non la confession qu’il fallait probablement restaurer et où il ne fut redéposer qu’en 888.
Au fil du temps, ses cendres furent placées dans des châsses de plus en plus luxueuses, notamment en 1408 où elles bénéficièrent d’un magnifique reliquaire tout de kilos de pierreries, or, argent et vermeil. Il semble que cela soit leur dernière châsse-reliquaire, car c’est elle qui est citée comme ayant disparu à la Révolution.