Exclu de la chorale à cause de la mue de sa voix, mais voulant retourner à la Cour, il s’adressa à Sainte-Colombe, grand maître de la viole, pour se perfectionner dans cet instrument.
Remarqué par Lully dès 1675, ce dernier l'engagea dans l'orchestre de l'Opéra sans que notre jeune musicien puisse, faute de moyens, acheter une charge d’ Officier ordinaire de la Musique de la Chambre du Roi. Fin mélomane, Louis XIV vint à son secours en 1679, en lui offrant cette charge. Cumulant pendant quarante ans les salaires de ces deux fonctions, Marais était à l’abri. Se produisant également dans l’entourage du roi, chez le duc de Bourgogne, Mme de Montespan ou Mme de Maintenon -, il écrivit près de 600 pièces pour viole, réparties en cinq livres, chacun comprenant, entre autres, une quarantaine de Suites, avec parfois des pièces de caractère comme le Tombeau pour Monsieur de Sainte-Colombe, le Tombeau pour Monsieur de Lully, Le Tableau de l’Opération de la Taille, etc.
En 1701, appelé à diriger, pour la guérison du Dauphin, une très grande cérémonie réunissant deux cent cinquante musiciens et chanteurs, vers 1704, il devenait chef d’orchestre permanent à l’Opéra. Après encore quelques grands succès, il connut une période moins faste avec l’échec de Sémélé, son dernier ouvrage lyrique. Marin vieillissait et de nouveaux et brillants violistes venaient contester sa suprématie de violiste et de compositeur. Bien qu’ayant, en 1708, obtenu que son fils aîné, Vincent, reprenne sa charge de violiste auprès du roi, il continua à jouer à la Cour jusqu’à la mort de Louis XIV (1715). Une de ses filles, Catherine, épousa le compositeur Nicolas Bernier.
Jouissant d’une certaine aisance, poursuivant l’enseignement et la pratique de son instrument, Marin s’éteignit. Depuis 2006, le « Festival Marin Marais » rend hommage au compositeur et au répertoire baroque dont il fut une grande figure.
Marin Marais fut inhumé en l’église Saint-Hyppolite, sa paroisse. L'église fut démolie de1798 à 1807. Ses maigres vestiges disparurent en 1867 emportant la tombe du compositeur dont les restes se trouvent peut-être aux Catacombes.