A la fin du 5ème siècle ou au tout début du 6ème, sainte Geneviève, qui vouait à saint Denis une véritable dévotion, obtint du clergé parisien l’érection d’une église sur sa tombe au “vicus Catulliacus” là où se dresserait plus tard la basilique. Tout du moins, c’est ce que lui attribue un biographe en 520.
Entre lieu du martyre et sépulture : une affaire commerciale et d’influence.
Environ 1560 ans plus tard, on peut s’interroger sur ses différentes versions ou n’y voir aucun intérêt Mais en des temps, qui durèrent des siècles, où posséder la dépouille d’un saint signifiait culte du saint, pèlerinage, gros revenus et influence, le sujet était au contraire d’importance.
A la fin du 5ème siècle, Geneviève, partisane des Francs de Clovis Ier, occupait une fonction élevée à Paris. Or, l’évêque de Paris, lui, appartenait au clan opposé, celui du général romain Syagrius, allié aux Wisigoths. Avant la victoire de Clovis sur Syagrius, Geneviève avait tout intérêt que le culte de saint Denis ne se développe pas dans Paris sous le contrôle de l’évêque. Si le martyre avait eut lieu à Saint-Denis et non à Paris, la basilique pouvait conserver son monopole sur le culte du saint.
La légende, de Denis marchant sa tête sous le bras avait l’avantage d’être un compromis diplomatique pour empêcher l’évêque de Paris de revendiquer la dépouille du saint dont les desservants de la basilique craignaient toujours d’être privés. Car l’évêque n’en démordait pas. En plein essor du culte de Denis, il entendait bien exercer son contrôle sur l’affaire pour assurer la promotion de sa cité. Ce n’est que grâce au soutien royal que la basilique parvint à faire valoir ses droits. Au début du 7ème siècle, elle devint un puissant monastère placé sous la protection de Clotaire III et de Dagobert Ier et entretenait des liens étroits avec le palais royal de Clichy, tout proche, devenu la résidence favorite de la cour royale. Dagobert y multiplia les donations en faveur des moines, embellit l’édifice et choisit de s’y faire inhumer. Sans le savoir, il inaugurait une tradition plus que millénaire.
La tombe de saint Denis
D’après la tradition, Denis reposait sous le maître-autel où les archéologues découvrirent une fosse qui ne contenait plus de corps. Quelques fragments de sarcophages, de tuiles ,d’ossements d’animaliers et humains associés à des poteries antiques furent retrouvés dans le remblai de comblement. Cette fosse, qui semble témoigner de l’exhumation d’un corps, correspondrait à celle de Denis. Aux abords immédiats, ont été reconnues les premières inhumations en cercueil et sarcophage de la nécropole qui date du 4ème siècle. Vers 450, c’est au-dessus de la tombe de Denis, et en fonction de son axe, que fut édifiée la première basilique fondée sur des blocs à décor sculpté prélevés dans un mausolée gallo-romain.
Dès la fin du 5ème siècle, de nombreux aristocrates francs choisirent Saint-Denis comme lieu de sépulture favori ce que prouvent les fouilles archéologiques.