Il triompha encore, avec Marceau, au Mans et à Savenay mettant ainsi un terme à la « grande guerre » au prix du massacre de milliers de trainards de l’armée rebelle, de blessés, malades, femmes et enfants. Il est évident que ce remarquable militaire a laissé une vision plus édulcorée de sa personne…comme les chouans en Bretagne qu’il alla combattre ensuite avant de servir à l’armée d’Ardennes, puis à celle du Nord et fut vainqueur à Charleroi et à Fleurus. A la tête de l’armée Sambre-et-Meuse, il bombarda Düsseldorf, fit capituler Maastricht, etc. Mais sa mésentente avec Jourdan l’amena à démissionner à la fin de 1796. Tombé dans la disgrâce du Directoire, malgré le succès devant Mayence (1796), il vivait obscurément quand il s’attacha au destin de Bonaparte qu’il suivit dans sa campagne d’Egypte en 1798. Blessé de nouveau grièvement à la prise d’Alexandrie, Kléber réprima ensuite l’insurrection de Damanhour, prit part à l’expédition en Syrie et fut encore présent à de nombreuses batailles.
Comme il s'apprêtait à regagner la France, Bonaparte lui confia le commandement suprême de l'armée d'Égypte. Le général signa, avec l’amiral britannique Sidney Smith, le 24 janvier 1800, une convention d’évacuation honorable de l'armée française défaite. Mais le gouvernement anglais se refusant à la ratifier, Kléber reprit les hostilités et remporta une ultime victoire contre les Anglais à Héliopolis avant de reprendre Le Caire. Kléber semblait enfin en mesure de tenir le pays.
Le poignard que lui planta dans le cœur Soleyman el-Halaby, un jeune étudiant kurde syrien, mit fin brutalement à au destin « de ce talent de la nature » comme disait de lui Napoléon. Et pendant qu'on exécutait l'assassin et ses complices, Jean-Baptiste Kléber fut inhumé, le 17 juin, dans le carré militaire du fort Ibrahim-Bey.
Lors de l’évacuation d'Egypte des Français, sa dépouille fut rapatriée à Marseille dans un cercueil de plomb qu’on oublia dix-huit ans dans une cellule du château d’If.