Néanmoins, après avoir reçu plus d’encouragements et d’éloges que de subsides, Mr de Favras finit par rassembler les fonds indispensables à l’opération. Ce fut le recrutement des soldats qui causa sa perte. Il se fit tout simplement dénoncer par trois de ses racoleurs.
Arrêté en décembre 1790 avec son épouse sur dénonciation de Turcatti, Morel et Marquis, il comparut devant ses juges qui l’accusèrent non seulement d’avoir projeté l’enlèvement de Louis XVI mais d’avoir eu aussi l’intention d’assassiner Necker, La Fayette et Bailly.
Sans émotion, après avoir fait amende honorable à Notre-Dame, il écouta sa condamnation à mort par pendaison. Amené en place de Grève immédiatement après la lecture de la sentence, il fut exécuté sous les cris du peuple qui hurlait… « Bis » !
Et ce même peuple, qui naguère respectait au moins l’expiation des suppliciés, essaya de soustraire les restes du marquis aux soins pieux de sa famille. Il fallut l’intervention de la garde nationale pour épargner à son cadavre les outrages qu’avaient connus ceux de Messieurs de Flesselles et de Launay le 14 juillet 1789. C’est pourquoi le marquis de Favras fut inhumé en toute hâte dans le cimetière le plus proche qui était celui de Saint-Jean-en-Grève, en principe fermé depuis 1772 et qui fut loti en 1793.
Sa tombe n’y resta donc que peu de temps avant que la dépouille ne soit transportée aux Catacombes en 1804.