Alors que l'usage s'était établi de séparer les fonctions de chancelier et de Garde des sceaux elles furent réunies au profit de Maupeou qui se vit confier les sceaux en 1768. Il devait les conserver jusqu'en 1774.
Mais, sous Louis XV, grâce à la confiance du roi, il disposa d'une marge de manœuvre dans les matières judiciaires. Selon un témoignage contemporain, il était : « sévère, pénétré de ses devoirs, infatigable au travail, abattant en se jouant une besogne considérable, capable de conduire une entreprise sans dévier, l'esprit toujours tendu sur les affaires. Ses défauts étaient l'excès de chaleur et la précipitation ».
Cependant, Maupeou est surtout connu pour l’une de ses grandes réformes qui porte son nom.
Le règne de Louis XV fut en partie troublé par la fronde des parlements qui avaient fini par confondre devoir de conseil et droit de remontrances avec instrument de contre-pouvoir. En 1770, Maupeou s'appliqua alors à restaurer l'autorité royale en entreprenant une réforme structurelle fondamentale de la justice.
Elle consista en deux réformes révolutionnaires :
- La première fut la réorganisation de la « carte judiciaire » du royaume. Le Parlement de Paris, ayant le plus grand ressort et le plus d’importance dans l’Ancien Régime, fut divisé en six circonscriptions, dont cinq devinrent des conseils supérieurs souverains qui eurent pour tâche de juger en dernier ressort les affaires civiles et criminelles (Blois, Chalons, Clermont, Lyon et Poitiers). Le parlement de Paris conserva sa dénomination, le droit d’enregistrement et de remontrance mais son rôle fut considérablement limité.
- La seconde fut l’instauration d’un nouveau statut des magistrats. Les membres du parlement s'étant mis en grève, il fit exiler tous ceux qui refusaient de reprendre le service et les remplaça par de nouveaux magistrats désormais des commissaires nommés et révocables par le roi.
Devenues gratuites, il n’était plus possible aux parlementaires de vendre ou de transmettre ces charges. Les parlements, et en particulier celui de Paris, virent leurs privilèges et leurs prérogatives diminués comme une peau de chagrin.
Soutenue par Voltaire, qui détestait les parlements, responsables d'erreurs judiciaires retentissantes comme l'affaire Calas, c’était un sacré coup de pied dans la fourmilière des offices héréditaires et/ou vénaux.. On s’en doute, cet édit du 23 février 1771, créa l’émoi parmi les concernés qui le jugèrent illégal et nul et traitèrent Louis XV de despote ! Malgré différentes actions contre la réforme, auxquelles s’étaient joints les princes, tout le monde finit par céder et la réforme devenait effective quand ce coup de Majesté, véritable sursaut d’orgueil de la monarchie contre la gente parlementaire, fut abrogé à la mort de Louis XV.
Les parlementaires en profitèrent et, dans un souci d'apaisement, Louis XVI rétablit les anciens parlements… Sur les conseils de Maurepas, assez généralement condamnés par l'historiographie, il renvoya Maupeou qui se retira dans ses terres, résidant successivement dans ses nombreux fiefs qu’il possédait dans l’Eure. On lui avait laissé son office de chancelier qu’il fut le dernier de l'Ancien Régime à conserver jusqu’à son abolition en 1790.
Arriva la Révolution. Après avoir fait un don d’une somme considérable à la nation, il s’éteignit dans château du Thuit.
Afin de protéger sa dépouille d’une éventuelle profanation, René Nicolas de Maupeou fut inhumé anonymement dans le petit cimetière paroissial de Thuit, à proximité de sa propriété dont il ne reste quasiment plus rien de l’époque. Aucune fouille n’ayant jamais été entreprise, la tombe du chancelier est toujours là, quelque part...
A l'entrée du cimetière, une plaque rappelle son inhumation en ce lieu.