Cependant, en dehors de ces occasions exceptionnelles, Bossuet n’apparut plus que rarement dans une chaire parisienne après 1669. Nommé évêque de Condom, Louis XIV le nomma aussi précepteur du Grand Dauphin Louis. Considérant cette tâche comme une sorte de sacerdoce national, il écrivit pour son élève, autant que pour lui-même, un ensemble de trois ouvrages : Traité de la Connaissance de Dieu et de soi-même, Discours sur l’histoire universelle et la Politique tirée des propres paroles de l’Ecriture sainte. Ces fonctions cessèrent avec le mariage du Dauphin. Il fut élu membre de l’Académie française.
En 1681, il rejoignit le siège épiscopal de Meaux où il porta une attention particulière à la formation de son clergé. Après la révocation de l'édit de Nantes, il reçut la conversion de nombreux réformés dont les communautés étaient installées dans les communes de son diocèse.
Quelques polémiques, dont une avec Fénelon à propos du quiétisme, agrémentèrent sa fin de vie.
Venant de plus en plus souvent à Versailles, à Fontainebleau, à Marly et à Paris, ce fut dans la capitale que « le dernier des Pères de l’Eglise », comme il fut appelé, poussa son dernier soupir.
Sa dépouille fut embaumée. Malgré l’avis de lui réserver tous les honneurs funèbres lors de ses funérailles à Meaux, nombreux furent ses amis et les membres du clergé qui vinrent lui rendre hommage lors de ses obsèques en l’église Saint-Roch (Paris).
Le 17 avril Jacques-Bénigne Bossuet était inhumé en la cathédrale de Meaux. Le nouvel évêque d’Agen, qui avait accompagné le cortège depuis Paris, célébra la messe pontificale en présence de tous les notables de la ville et du peuple des campagnes voisines. Sa dépouille fut ensuite placée dans le caveau que « l’Aigle de Meaux » s’était choisi par testament : au pied de la dernière marche du grand autel du côté de l’épître.
Le 23 juillet 1704, lors d’une cérémonie en grande pompe, le père de La Rue, jésuite préféré de Bossuet, eut la tâche difficile de prononcer l’éloge funèbre de celui qui fut le maître du genre.
En 1724, lors de travaux de la cathédrale, sa pierre tombale fut déplacée sans qu’on ne touchât à son cercueil. Ce fut sans doute la raison pour laquelle ses restes furent épargnés par les révolutionnaires qui, ignorant où se trouvaient sa tombe, se bornèrent à en effacer les armoiries. Restaurée, outre l'épitaphe, on peut y voir des trophées funèbres, des ornements épiscopaux et des représentations de livres.