C'est en voulant dignement fêter le premier anniversaire de l'abolition de la royauté qu'il déclencha les profanations de la basilique Saint-Denis (août puis octobre 1793). Robespierre appréciait ce travailleur acharné dont il prit toujours la défense, ce qu’il dut regretter quand Barère, sentant l'Incorruptible prêt à tomber, se rangea parmi ses adversaires. Néanmoins, par la suite, sa tentative de dédouanement resta vaine. Il fut condamné à la déportation à Madagascar le 2 mars 1795 à laquelle il réchappa après s’être évadé de la prison de Saintes. Caché par ceux qu’il avait aidés autrefois, il vécut dans la clandestinité dont il ne sortit que brièvement sous l’Empire avant d’être banni comme régicide par Louis XVIII.
Après quinze ans d’exil et de nombreuses portes politiques claquées au nez, il eut enfin la maigre satisfaction de siéger au conseil général des Hautes-Pyrénées jusque pratiquement la fin de ses jours. Fin de jours d’ailleurs fort modestes car, profitant de la situation, sa famille l’avait dépouillé de ses biens.
Ainsi, place Monbourguet, mourut bien vieux et bien seul celui dont Robespierre disait aussi : « Je déclare que j’ai vu dans Barère un homme faible, mais jamais un l’ennemi du bien public », ce que, à propos de son caractère, d’autres de ses contemporains confirmèrent en disant qu’il n’en avait pas.
Bertrand Barère de Vieuzac fut inhumé au cimetière Saint-Jean de Tarbes.
En 1889, une souscription fut lancée pour ériger un monument en sa mémoire. Les Tarbais ne furent pas dupes. Elle rapporta tout juste de quoi placer sur sa tombe un moulage de sa statue par David. Les temps ont changé et, dorénavant, le grand monument est très bien entretenu par la ville de Tarbes.