Sous son pontificat l’éclat d’Avignon atteignit son apogée en faisant de son palais une résidence somptueuse. Il favorisa les arts avec magnificence.
Sa préoccupation principale fut surtout la diplomatie. Pourtant, malgré une réputation de grande habileté politique, il y connut moins de succès que d’échecs, ou plutôt de revers mitigés.
Pendant qu’Avignon se parait de lustre, Rome compensait et préparait lentement sa revanche avec le Jubilé de 1350 qui fit converger vers les tombeaux des apôtres à Rome des milliers de pèlerins.
Paradoxe qu’illustra la présence de la future sainte Brigitte de Suède « symbolisant l’espérance mystique des âmes anxieuses de l’abandon de Rome comme capitale de la Chrétienté ». Le malaise n’alla qu’en s’accentuant.
Clément VI mourut de la gravelle dans d’atroces souffrances en laissant les caisses vides. Ses funérailles eurent lieu à Avignon avant qu'il ne soit inhumé à La Chaise-Dieu selon sa volonté.
Quatre mois après son décès, en avril 1353, un cortège funéraire, conduit par le cardinal de Beaufort, le mena à sa dernière demeure où il avait pris l’habit de bénédictin. Il y fut accueilli par son cousin Étienne d’Aigrefeuille qui dirigeait l’abbaye.
En signe de deuil, la nef et le chœur étaient encourtinés de serge noire et les armes du défunt exposées dans l’abbatiale. Sa dépouille, entourée d’un linceul en peau de cerf, fut déposée sur un châssis de fer à l’intérieur du sépulcre.
Son impressionnant tombeau avait été réalisé de son vivant par Jean de Soignolles et Jean David sous les ordres de Pierre Boye. Son sarcophage de marbre noir comportait une série de 44 personnages qui étaient presque tous ses frères, oncles, neveux et cousins : 4 cardinaux, 5 archevêques, 9 évêques, remarquable illustration du népotisme de ce pontife.
L’église fut lourdement profanée en 1562 par les protestants qui abîmèrent le mausolée. Placé au centre du chœur des moines, il a été refait au 17ème siècle par les mauristes qui avaient entrepris de restaurer l’édifice.
Les statuettes ont malheureusement disparu de la sépulture ; il n’en reste que des fragments, soit dans la salle du Trésor, soit au musée Crozatier du Puy.