Sur les panneaux de bleu turquin, on pouvait lire plusieurs couplets de la Henriade de Voltaire sur Coligny dont le premier vers commence ainsi :
« Le héros malheureux, sans armes, sans défense,
Voulu mourir du moins comme il avait vécu,
Avec toute sa gloire et toute sa vertu,
Et l’on port sa tête aux pieds de Médicis :
Conquête digne d’elle, et de son fils ! »
Ne pouvant rester aux Petits-Augustins ni être placé dans aucune paroisse parisienne, il fut démonté à la suppression du musée. Qu’est devenu ce mausolée ?
Toutefois, les Montesquiou, en quittant leur domaine, avaient pieusement conservé les ossements qu’ils conservèrent jusqu’en 1851 où, sur demande des Montmorency, ils acceptèrent de les rendre pour qu’ils reposent dans cette terre pour laquelle l’amiral avait tant d’affection. Le comte Anatole de Montesquiou écrivit la lettre suivante au duc de Montmorency-Luxembourg:
« Monsieur le Duc,
Je dois vous remercier du sort que vous faites et du repos que vous assurez à ce qui reste d'un grand homme, à ce monument humain de nos vieilles discordes et de nos grands souvenirs. Les reliques de l'amiral Coligny, après avoir passé quatre-vingts ans en dépôt dans ma famille, vont se retrouver enfin dans la demeure héréditaire d'où l'on n'aurait pas du les retirer.
Puisque vous voulez bien me le permettre, j'aurai bien de l'empressement à visiter ce tombeau, au milieu des grands débris restaurés par votre bon goût et votre magnificence »
Pour s’assurer que la caisse de plomb contenait bien les restes de l’amiral, on l’ouvrit: « Nous trouvâmes des membres épars par l'effet d'une mutilation et dans un état complet de décomposition, sans la tête, qui avait été coupée par Cosseins […]. Ces restes étaient enveloppés de balles d'avoine, dans lesquelles furent mis probablement les débris du corps de l'amiral quand ils furent enlevés la nuit de Montfaucon par les gens du maréchal de Montmorency… » On y adjoint une omoplate conservée dans les archives du château « percée d'un trou semblable à celui qui aurait été fait par une balle de fort calibre […]. Après cette constatation, un procès-verbal fut rédigé et introduit dans un vase de cristal, fermé hermétiquement et placé dans le cercueil dont le couvercle fut immédiatement soudé. M. le duc de Luxembourg fit placer et sceller ensuite le cercueil dans l'intérieur d'un pan de mur de la chambre où l'amiral est né; une inscription sur marbre blanc rappelle tous les lieux où ses restes mortels ont été successivement déposés ».
Et puis, on estima que ce pan de mur de chambre pouvant être détruit, cette sépulture ne convenait pas et fut déplacée là où elle se trouve aujourd’hui, modeste monument entouré des débris d’un édifice somptueux.
Des reliques, dont une phalange, se trouvent également dans la chapelle du château de Choye (Haute-Saône) où sont inhumés des membres de la famille Coligny depuis le 19ème siècle.
Enfin, lors du déblaiement des terres entassées sur l'emplacement de l'ancienne chapelle du château, on découvrit le caveau qui servait de sépulture aux Coligny. Les tombes avaient été profanées en 1793, les cercueils de plomb enlevés et les ossements laissés sur place. Pour éviter toute profanation, le duc de Montmorency-Luxembourg († 5 mars 1861) fit refermer ce caveau où se trouvaient encore les ossements du père de Gaspard de Coligny et des anciens seigneurs de Châtillon.