Temps de la décolonisation, d’une guerre qui ne disait pas son nom, des attentats, des putschs et des assassinats, du FLN, de l’OAS, et des appelés.
Lieutenant-colonel, considéré comme un brillant officier, il était aussi un catholique profondément pieux, voire mystique. Pour lui, entre autres choses : « La politique algérienne du général de Gaulle était un crime contre l'humanité, elle n'était qu'ignominie et déshonneur ». L’Algérie devait rester française quitte à trouver de nouvelles solutions pour son avenir. Pour l’heure, éliminer celui qu’il regardait dorénavant comme un dictateur, un Antéchrist qui livrait cette fraction du territoire national à l'« arabo-communisme », était une évidence.
Après de vaines tentatives pour faite aboutir son projet criminel, notamment l'attentat de Pont-sur-Seine (8 septembre 1961), il organisa celui du Petit-Clamart, le 22 août 1962, aux lendemains des Accords d’Evian (18 mars 1962) et du référendum d'autodétermination (1er juillet 1962). Ce fut un nouvel échec.
Arrêté le 17 septembre, son procès se déroula du 28 janvier au 4 mars 1963. Quoique son action prenne place sur les marges institutionnelles de l’OAS, il n’en était pas. L’attentat n’était qu’une coïncidence entre ses vues et celles de l’organisation secrète.
Condamné à mort, comme les deux tireurs du commando, en tant que commanditaire de cette tentative d'assassinat, si les tireurs obtinrent la grâce présidentielle, elle lui fut refusée.
De Gaulle ne pouvait pardonner qu’il ait fait tirer sur une voiture dans laquelle il savait qu'il y avait sa femme, qu’il ait mis en danger de mort des innocents, dont des enfants se trouvant dans une voiture placée sur la trajectoire des coups de feu, qu’il ait payé des étrangers pour tuer le chef de l'État sans prendre part lui-même à l’action.
Sans illusion sur son sort, Jean Bastien-Thiry était fusillé au fort d’Ivry une semaine après le verdict, exécution qui provoqua un profond malaise dans l’opinion.
Il était le dernier condamné à mort exécuté en France pour raisons « politiques ». Le dernier droit commun à l’avoir été avant l’abolition de la peine de mort en 1981, fut Hamida Djandoubi, guillotiné à Marseille le 9 septembre 1977 pour le meurtre de sa compagne.
D’abord inhumée au cimetière parisien de Thiais, sa dépouille fut transférée un mois plus tard au cimetière de Bourg-la-Reine où sa tombe est toujours honorée d’hommages divers.