« Restaurer un édifice, ce n’est pas l’entretenir […], c’est le rétablir dans un état complet qui peut n’avoir jamais existé à un moment donné. » écrivait-il. C’est ainsi que son œuvre balance entre diversité héritée de l’histoire et centralisme post-napoléonien avec une interprétation de l’histoire destinée à rassembler la société autour de l’Etat Nation naissant.
Alors que la plupart des historiens se contentaient alors de l’écrit, dans le dessein de participer à l’élaboration d’une histoire des civilisations, il intégra au discours historique le commentaire sur le bâti et les objets. C’est dans cet objectif qu’il conçut des ouvrages qui confrontèrent le texte et l’image et provoquèrent aussi de sévères critiques quand, après 1870, furent contestées les prescriptions qu’il donna pour la restauration de la cathédrale d’Évreux.
Lorsqu’à la fin du 19ème siècle, la pratique des restaurations trop lourdes fut mise en cause partout en Europe, son nom devint alors synonyme de mauvais goût et d’inauthentique. Mais, quand après la Première Guerre mondiale, il fallut restaurer les grands monuments médiévaux victimes des bombardements, sa lecture de la structure gothique et sa conception de la restauration revinrent à l’honneur.
Auteur de nombreuses publications –dictionnaires, ouvrages de synthèse destinés à la jeunesse, monographies- il reste une référence dans le domaine de l’histoire de l’art médiéval.
En fonction de nos connaissances et sensibilités, quel que soit notre sentiment à l’égard de son œuvre, n’en déplaise à ses détracteurs les plus tenaces, sans son intervention, plus d’un monument aurait disparu de notre patrimoine ou serait peut-être encore dans un état pitoyable. Au moins peut-on, à minima, lui rendre cette justice.
Après avoir été responsable des fortifications pendant le siège de Paris lors de la guerre franco-prussienne, il fut notamment chargé, en 1873, d'organiser le retour des cendres de Louis-Philippe et de la reine Marie- Amélie en France, ce qui sera réalisé en 1876 en la chapelle royale de Dreux.
Dès 1872, il eut en charge la rénovation de la cathédrale de Lausanne. C’est dans cette ville qu’il devait mourir sept ans plus tard et où il fut inhumé.
Bien éloignée des lourdeurs architecturales qu’on lui reprocha, sa tombe discrète est d’une grande sobriété.