Vice-amiral (1799), après la défaire d’Aboukir, il prit le commandement d'une escadre et partit de Brest pour ravitailler Malte et rétablir les communications maritimes avec l'Égypte. S'il n'y parvint pas, du moins réussit-il à tromper le blocus anglais, à ravitailler Gênes assiégée, et à rejoindre Brest sans avoir été attaqué.
Commandant de l'escadre de Rochefort (1801), commandant en chef de l'armée navale de l'Atlantique (1802) mais, victime des premiers effets de la tuberculose, il dut renoncer à naviguer.
Bonaparte le nomma alors conseiller d’Etat, puis lui confia le commandement de la flottille de Boulogne destinée à débarquer en Angleterre (1803). Arrivé sur place avec de nombreux ingénieurs, il continua l’œuvre de rénovation du port de Boulogne entreprise par Latouche-Tréville. Devenu inspecteur général des côtes de l'Océan, il déjoua, le 1er octobre 1804, une tentative de Nelson pour incendier la flottille à l'aide de brûlots. Sa mort prématurée, survenue à Paris, priva la flotte française d'un de ses meilleurs chefs. Il fut inhumé au Père-Lachaise.