À l'architecte, on doit encore les plans de la petite église de Sant'Eligio degli Orefici (vers 1512), ceux de plusieurs palais dont le palais Pandolfini à Florence, et ceux de la villa Madame dans la campagne romaine.
Célèbre comme dessinateur, Raphaël laissa aussi une trace dans l'histoire de l'estampe grâce à sa collaboration avec le graveur Marc-Antoine Raimondi qui diffusa ses thèmes dans toute l'Europe.
Une fièvre maligne mit fin à la vie de l’artiste le jour même de ses trente-sept ans alors que de nombreux chantiers étaient en cours. Saluée par la douleur profonde de la cour pontificale, comme un goût d’inachevé, sa disparition brutale et prématurée participa au mythe du génie.
Comme il l'avait demandé, Raphaël fut inhumé dans le prestigieux Panthéon de Rome. Sur son tombeau, en guise d'épitaphe, les mots gravés de son ami, le poète Pietro Bembo (1470-1547) : "Ci-gît Raphaël. A sa vue, la nature craignit d’être vaincue ; aujourd’hui qu’il est mort, elle craint de mourir".