Emmené à Savone, il y resta presque trois ans. A la veille de son départ pour la campagne de Russie, Napoléon le fit venir à Fontainebleau où il demeura isolé jusqu’en janvier 1814. Aucun accord n’aboutit entre les deux hommes. De nouveau réexpédié à Savone, il fut enfin autorisé à regagner Rome où il effectua une entrée triomphale le 24 mai.
Assisté de l’extraordinaire énergie et incomparable habileté de Consalvi, il employa ses dernières années à rétablir l’assise temporelle et spirituelle du Saint-Siège.
Agé et fatigué, Pie VII se fractura le col du fémur en juillet 1823. Le 19 août son état s’aggrava. Veillé par son cher Consalvi, il mourut le lendemain .
Embaumé, ses entrailles furent déposées à l'église Saint Vincent et Saint Anastase de Trévie, paroisse du Quirinal où reposent le cœur et les viscères de nombreux autres papes.
Une foule immense et attristée vint lui rendre hommage sur la place de Monte-Cavallo devant le palais du Quirinal où sa dépouille était exposée. Le 22 août, elle fut transportée au Vatican à travers une foule tout aussi dense.
Après neuf jours de funérailles, on scella le cercueil de plomb dans lequel Pie VII reposait vêtu de ses habits pontificaux avec une bourse contenant les monnaies et médailles de son règne.
Dans le respect des volontés testamentaires de Consalvi, la vente des cadeaux qu’il avait reçus au cours de sa carrière diplomatique servit, entre autres, à ériger le monument funéraire de son ami dans la chapelle Clémentine de la basilique Saint-Pierre. Œuvre du danois Bertel Thorvaldsen le tombeau représente Pie VII entouré de deux figures allégoriques : la Force et la Sagesse (ou Modération) et des génies de l’Histoire et du Temps. Le pape y fut inhumé en 1825.