Chef d’état-major aux armées d’Italie, de Rome, d’Angleterre et général de division, il joua un rôle important lors du coup d’Etat du 18-Brumaire. Homme de confiance de Bonaparte, il exerça des commandements de plus en plus importants. En octobre 1801, il fut placé à la tête de l’expédition envoyée rétablir la souveraineté française sur Saint-Domingue. Pauline l’accompagnait.
Après avoir réduit les différentes armées de l’île et soumis Toussaint Louverture, il tenta de réorganiser la colonie. Mais l’annonce du rétablissement de l’esclavage à la Guadeloupe relança une rébellion à laquelle les troupes venues de France, décimées par la fièvre jaune, eurent le plus grand mal à tenir tête. Leclerc, lui-même succomba à la fièvre et Pauline ramena sa dépouille en France.
Victor –Emmanuel Leclerc fut inhumé dans le parc de son château de Montgobert près de Villers-Cotterêts.
L'architecte Fontaine édifia un monument inspiré de l'antique (classé Monument Historique en 1978), haute borne funéraire où le cercueil de Leclerc fut déposé le 9 mars 1803, après une dernière cérémonie dans l'église de Villers-Cotterêts.Son cœur fut placé dans une urne en vermeil qui se trouve de nos jours dans l'église du Dôme des Invalides. Le corps de son fils, Dermide, mort d'épilepsie à six ans en 1804, l’y rejoignit.