Le luxe, l’oisiveté et les plaisirs n’offrant pas pas toutes les compensations, Marie-Josèphe s’enticha à la folie de sa dame d’honneur, Marguerite de Gourbillon. Femme aussi cupide qu’ambitieuse, la favorite, sachant profiter de toutes les handicaps de sa maîtresse, ne cessait de lui en imposer et de la tyranniser. La Révolution allait mettre un peu d’ordre à tous ces états d’âme.
Dès leur exil en 1791, ce couple princier mal assorti prit des chemins différents. L’Italie, la Suisse et l’Allemagne avaient accueilli Marie-Josèphe qui, comme un chien accroché à son mauvais maître, était toujours flanquée de la terrible Gourbillon dont elle ne pouvait se passer. Louis et Marie-Josèphe ne se retrouvèrent qu’en 1799 pour le mariage en Russie ne leurs nièce et neveu, la fille de Louis XVI et le duc d’Angoulême. Entre temps, Louis étant devenu « roi de France » sans trône, on s’attendait à un minimum de royauté dans le comportement de la « reine ». Rien du tout ! Après avoir bien indisposé son monde Marie-Josèphe, se languissant d’un climat moins rigoureux et de la Gourbillon, refit ses malles et déguerpit.
Ce n’est qu’en août 1808 qu’elle retrouva son époux en Angleterre. Atteinte d’hydropisie, sa santé se détériorait d’autant plus vite que le moral n’y était pas : Louis avait refusé que la Gourbillon l’accompagnât. Seules les sempiternelles récriminations de Marie-Josèphe pour obtenir de Louis une pension pour la favorite « abandonnée » agitaient la morne ambiance qui régnait entre les époux. Son état s’aggravant, elle voulut revoir sa Marguerite tant aimée. Nouveau refus du roi qui, excepté le plaisir fait à sa femme, avait bien raison de ne pas s’encombrer du personnage.
La douleur physique et la tristesse furent les compagnes de ses derniers mois. Une visiteuse la décrivit ainsi peu avant sa mort : « Je n'ai jamais vu une femme ni plus laide, ni plus sale. La reine grelotte de fièvre. Ses yeux sont à moitié collés ». Au château d'Hartwell, après une crise ultime, Marie-Josèphe connut enfin la tranquillité à laquelle elle aspirait.
Le 25 novembre sa dépouille mortelle fut transportée en grande pompe jusqu’à la chapelle des ambassadeurs de King’s street à Londres où de grandes personnalités anglaises et une foule de nobles anglais et français vinrent lui rendre un dernier hommage avant de former l’imposant cortège qui l’amena en l’abbaye de Westminster où elle fut inhumée dans la chapelle du roi Henry VI.
Puis, selon son vœu, sa dépouille mortelle fut transférée le 13 avril 1811 dans crypte de la cathédrale Santa-Maria de Cagliari, chapelle San Lucifero. Son tombeau date de 1830.