L’année suivante, ayant échoué de peu au concours pour le poste de Maître de chapelle à la cathédrale de Rouen, il obtint la direction la maîtrise de la cathédrale de Chartres (1694-1698) , puis celle de l'église Saint-Germain-l'Auxerrois à Paris. L'un de ses Te Deum, interprété à Fontainebleau devant le roi en 1700 fut un tel succès qu’on le chanta dans diverses églises de Paris jusqu'en 1704. Il se lança alors dans la publication de petits motets, genre qu'il maîtrisait avec brio.
Vers 1700, protégé par Philippe d'Orléans, futur Régent, Bernier fut un des créateurs d'un nouveau genre d'inspiration profane, imité de l'Italie, la " cantate française ". Ces œuvres étaient écrites pour une ou deux (plus rarement trois) voix solistes avec basse continue (auxquelles peuvent s'ajouter un ou deux violons, ou d'autres instruments tels que la flûte traversière, le hautbois ou la basse de viole).
En 1705, il succéda à Marc-Antoine Charpentier comme maître de musique de la Sainte-Chapelle à Paris. La fonction de maître de chapelle exigeait d’être célibataire et de porter l'habit ecclésiastique. Grâce à la protection de Philippe d’Orléans, Bernier put contourner cette règle alors qu’il se maria, en 1712, avec Catherine Marais, la fille du célèbre compositeur Marin Marais.
Son activité au sein du Palais était intense et fut illustrée par la publication de ses deux livres de motets (1703 et 1713).
En 1715, il participa aux divertissements donnés par la duchesse du Maine en son château de Sceaux connus comme les fameuses Nuits de Sceaux.
En 1723, il reçut un des trois quartiers de sous-maître de musique de la chapelle royale conjointement détenu par Michel-Richard de Lalande, Charles Hubert Gervais et André Campra. Dans le même temps, on lui confia l’éducation des pages de la Chapelle Royale, charge qu’il occupa à plein temps au décès de Lalande (1726) jusqu’en 1733. Pour se faire, il avait démissionné de sa fonction à la Sainte-Chapelle.